È uno dei tre organi del Piano strategico "Capitanata 2020", con sede presso l' Amministrazione Provinciale di Foggia.
È composto dai sindaci dei Comuni di Apricena, Cagnano Varano, Carapelle, Carpino, Cerignola, Chiesti, Foggia, Ischitella, Isole Tremiti, Lesina, Manfredonia, Mattinata, Monte Sant'Angelo, Ordona, Orta Nova, Peschici, Poggio Imperiale, Rignano Garganico, Rodi Garganico, San Giovanni Rotondo, San Marco in Lamis, San Paolo di Civitate, San Nicandro Garganico, San Severo, Serracapriola, Stornara, Stornarella, Torremaggiore, Vico del Gargano, Vieste e Zapponeta.
Ne fanno parte anche il presidente della Provincia di Foggia, il presidente dell'Ente Parco nazionale del Gargano e il presidente della Comunità Montana del Gargano.
Presieduto dal presidente dell'Amministrazione Provinciale, ha le seguenti funzioni:

- conferire indirizzo politico nella fase di predisposizione del Piano Strategico e del PUM;
- approvare la definizione della forma e dell'Organismo che gestirà il Piano strategico nella fase di attuazione.

Il Consiglio delle Istituzioni si riunisce almeno tre volte nell'arco dell'anno solare. È regolarmente costituito, in prima convocazione, con la presenza della maggioranza di almeno il 50% degli Enti aderenti alla Convenzione. In seconda convocazione il Consiglio si ritiene regolarmente costituito con l'intervento di almeno un terzo degli Enti. Il Presidente, inoltre, deve convocare il Consiglio entro venti giorni, quando ne è fatta domanda da almeno un terzo più uno dei componenti e nella domanda sono indicati gli argomenti da trattare.
Le deliberazioni sono assunte con votazione in forma palese, sono verbalizzate per iscritto e si intendono adottate con il voto favorevole della maggioranza dei presenti.